Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, (CAS)
中国科学院西双版纳热带植物园

Two students from the Ecological Evolution Group, XTBG, were invited to present their work at the Student Conference on Conservation Science (SCCS) held in Cambridge, UK during 23-25 March 2010, the biggest student- oriented conservation conference in the world.   The international meeting brought together 220 students from 63 countries and included 4 plenary talks, 33 [...]

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Participated in the leading group discussion about the Shier Wu (12th Five Year) plan this morning.  A lot of exciting things planned in the near future!  Given the success over the last five years, I expect XTBG to fulfill a large proportion of these new initiatives. One of the most interesting aspects of this process [...]

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Woke up this morning to distant echoes of raucous thunder – single rolling booms that were building in intensity and drawing closer until the quick lightning flash was visible seconds beforehand.  I grew up loving thunderstorms in Texas.  Mainly because they were a sure guarantee of getting out of work, at least the heavy and [...]

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Professor Ferry Slik gave an invited keynote lecture at the ‘International Workshop Biodiversity and its Management in East and Southeast Asia’ at Kagoshima University, Japan on March 23, 2010.  His lecture was entitled: ‘Tropical Forest Ecology and Conservation in Asia, New Developments in a Time of Crisis’.  After the one day workshop, Professor Yoneda and [...]

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I realize that I am not at the bleeding edge of this curve but I bought a Sony ereader for Christmas this year for myself and I like it much more than I expected.  I have owned several digital devices but have never really found a use for them.  I tried to use a Sony [...]

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Prof. Chuck Cannon presented his work on the comparative genomics of tropical trees using next-gen sequencing technology at the joint conference of the International Union of Forest Research Organizations Working Parties 2.04.01 (Population, Ecological and Conservation Genetics) and 2.04.10 (Genomics) entitled “Sustainable Utilisation and Conservation of Forests in the Genomics Era”. He presented the plenary [...]

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Prof. Manuel Lerdau visited the Ecological Evolution group for one week (Mar. 2-8) to develop research ideas and proposals.  Manuel and Chuck has a common history as they both worked at the Cabang Panti Research Station in the Gunung Palung National Park in its early days.  Dr. Lerdau was actually part of the “A Team” [...]

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Writing from KL tonight.  Will be going back to Banna in a few days.  We’ve decided to not go to the meeting in Spain this June.  This decision simplifies our lives a great deal.  I am going to try mightily to stay in the garden the entire time until the ATBC meeting in late July.  [...]

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应剑桥大学的邀请，生态进化组的两位研究生依庄防和范欢拟于2010年3月19日至4月28日赴英国参加SCCS(Students Conference on Conservation Science)国际会议（2010年3月19日至3月28日）。依庄防同学在众多参加者中脱颖而出，被邀在会上作题为“Tipping landuse change towards forest recovery via eco-compensation schemes in Xishuangbanna, China”的大会报告。范欢同学则将在会上作题为“Effective incorporation of georeferenced digital photo and video into Rapid Biodiversity Assessment”的墙报。 会后（2010年3月29号至4月28号）依庄防同学将在剑桥大学保护生态学组（University of Cambridge, Conservation Science Group）以及东安格利亚大学的全球环境的社会经济研究中心（University of East Anglia, The Centre for Social and Economic Research on the Global Environment）进行为期一个月的考察和实习。范欢同学将前往位于著名的英国皇家植物园丘园的BGCI（Botanical Gardens Conservation International植物园保护国际）进行考察和实习。 SCCS是由英国剑桥大学主办的唯一完全针对学生的关于保护生物学的国际会议(http://www.sccs-cam.org)，旨在帮助未来科学家相互学习和交流，并提供考察访问及合作研究机会为其今后的职业生涯提供宝贵经验。该会议每年接收来自全球的申请并从中筛选160个年轻且具有科研潜力的与会者，这160个与会者分别来自60多个国家。该会议在过去10年来已接待了来自106个国家和地区的1600名代表，是一年一度的国际保护生物学盛会。而会后的考察访问及合作研究机会更是从100多份与会者的申请中筛选出20个进行资助。我园首次有两名学生入选并获得实习机会及相关资助。

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由中国科学院人事教育网通知，根据《科发人教函字[2009]181号》文件，我园依庄防同学的《西双版纳民营橡胶初加工厂社会环境效应调研》项目获得2009年度中国科学院研究生科技创新与社会实践资助专项社会实践类项目资助。 注：中国科学院研究生科技创新与社会实践资助专项社会实践类项目设立的目的是为了鼓励和引导科学院的研究生进行跨学科、跨地区的科学考察、访问研究及社会实践，促进理论联系实际，了解国情、院情，培养协作精神和创新意识，在实践中宣传科学知识、把握科学精神、掌握科学方法，切实提高研究生的科研能力与综合素质。其中社会实践类项目执行时间为一年，资助金额为一万元，项目执行完毕后2个月内，社会实践类项目获资助者须提交社会实践报告(5000字左右，含图片）和资助金支出情况报告。

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由生态进化组和研究生会共同举办的圣诞晚会于12 月12 日在我园阴生植物园举行。挂满 圣诞灯和彩色装饰物的 圣诞树，在晚会入口拉上“Merry Christmas ” 条幅，放上轻松愉快的圣诞歌，桌上摆上的“垂涎的圣诞大餐”如美味香脆的烤火鸡，入口即化的巧克力派，香甜的苹果派，酸酸甜甜的柠檬派，金黄可口的南瓜派 等等，再加上欢声笑语，以及圣诞老人的出场，整个阴生植物园沉浸进了欢乐美好的圣诞气氛之中。 Cannon 教授示范了如何切“火鸡”，并且还亲手给在场的每一位教授和同学切了美味的烤火鸡薄片。之后国际学校的孩子们以演唱活泼欢乐的圣诞歌曲 “Christmas Time Is Here” 拉开了晚会的帷幕；而后研究生会带来的“戏曲联唱”中的京剧，湖南花鼓戏和黄梅戏等让在场的听众们惊喜不断；从马来西亚来的 MelissaWong 穿着传统的马来服装给同学们表演的歌舞，让大家看到了马来西亚婀娜的女生。晚会最激动人心的环节就是拆礼物了，大家开开心心的拆开交换的礼物，结束了美好 的一个晚上。

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在以往的研究中，针对短测序片段（short read sequence,SRS）进行的比较基因组分析多数都需有事先组装好的DNA序列作为参照，这一定程度上制约了这类数据在生物信息学研究的发展。近期， 版纳植物园生态进化组的Cannon教授和其组员发明了一种新的研究方法，该方法不用事先组装，通过分析检测数据中达到某种“复杂度”的基因片段是否存在 及其出现频次，来探讨一定数量目标基因组中的序列差异。该研究成果发表在分子生态学领域顶级刊物《MOLECULAR ECOLOGY》上。 Cannon教授等的研究比较九个树种从种群到科一级的基因组多样性的海量数据，并利用已知的3个树 种的基因组数据作为对照，探知测序反应中数据的质量和分布偏差。该方法定义了3类主要的富含生物信息的复杂DNA片段，其中每一类都具有其特殊的统计属 性。第一类复杂片段为某一基因组所特有但假阳性的概率很高，高度依赖于测序覆盖度和分布情况；第二类复杂片段为两个基因组所共有并能显示其潜在的拷贝数差 异；第三类复杂片段为某一些基因组所共有，与物种的形态和地理差异相联系。由于该方法不需事先组装，即可分析海量数据，极大的推进了短序列测序技术在非模 式生物上的应用，并为更为进一步的基因组装和细致研究直接筛选出最有效的遗传部件提供新的途径。该研究中也展示了该技术的实际应用前景，例如，我们可为一 种濒危木材树种找到大量的种群水平上的遗传标记，从而可以界定木材个体的来源，规范国际木材交易。 新一代DNA测序技术的突破为研究热带森林的生态和进化提供了一个新的平台，Cannon教授等的研究是版纳植物园为把基因组学应用在植物功能适应进化与气候变化、物种多样化和共存、以及极度濒危的亚洲热带森林自然资源保护诸方面所迈出的重要一步。 Cannon教授现为版纳植物园全职研究员（2007年7月开始），博士生导师，长期在东南亚热带地区从事森林生态学研究，2009年纳入云南省高端人才计划。

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受到强烈干扰的生态系统中往往生物多样性较低，干扰能成为环境因子 “过滤器”使得系统中拥有特定适应性状的物种得以存在。基于系统发生学进化过程中亲缘关系越近、物种对外界干扰反应越相似的假设，版纳植物园生态进化组博 士后Matthew Helmus博士等的研究表明：受干扰生态系统中的生物群落更易富集近缘种。相关研究成果在生态学领域顶级刊物《ECOLOGY LETTERS》上在线发表。 Matthew Helmus博士等通过对受生物干扰（如物种入侵）、化学干扰（如酸化）、物理干扰（如控制水位线）三种干扰类型的18个湖泊和16个对照湖泊中浮游动物 的群落变化情况，发现无论哪种类型的干扰均会促使湖泊里浮游动物群落中近缘种普遍增加，物种的变化与群落内物种丰富度、均匀度及群体的数量无关；研究还发 现在酸性胁迫下湖泊中浮游动物群落变化最激烈；物种对特定干扰的敏感性具有系统发育学上的遗传性，与个体的大小无关，而且这种敏感性可以通过近缘种的行为 进行预测。因此，物种系统发育学的研究不失为一种用于研究和测量种群和群落对生态系统受到干扰的响应机制的有效手段。 Matthew Helmus 博士毕业于美国威斯康星大学，自2009年3月起在版纳植物园生态进化组做博士后研究，主要从事生态学、进化学及统计学的交叉研究，着重于进化过程中亲缘 关系相近的近缘种是否具有相似的生态变量的研究。同时结合新一代测序技术试图从基因组水平探知物种的进化关系，从而推测物种的入侵与灭绝。

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2009年10月，中科院版纳植物园生态进化组成员参与了多项国际基因组学盛会，向世界介绍了中科院西双版纳热带植物园并着力推动热带树木基因组研究。 Cannon研究员与柯彩贤助理研究员参加了十月初在巴塞罗那举行的2009新一代测序技术大会(NGS2009)。会议旨在讨论如何应对新一代测序技术所带来的机遇与挑战。测序技术企业的代表们与学者们相互交流，并热烈讨论了这一新生领域的各类问题，特别是如何计算和处理由此项技术所产生的海量数据。Cannon研究员在会上发表了题为“Comparative Genomics of Tropical Evergreen Fagaceae”（壳斗科的比较基因组研究）的报告，着重介绍了该研究组在西双版纳热带植物园所进行的壳斗科基因组研究工作。柯彩贤助理研究员被邀请主持宏观基因组学分会。同时，两位专家还发表了题为“Using a ‘Framework Species’ Concept for Ecological and Evolutionary Studies in Comparative Genomic” 的学术墙报。 Cannon研究员与柯彩贤助理研究员还于十月中旬被邀参加了由中科院基因组所在北京举行的2009国际基因组学大会。Cannon研究员向与会者介绍了将在国际著名学术期刊 Molecular Ecology上正式发表的最新研究成果，Assembly- free comparative genomics: finding the needle in the haystack, 探讨了非组装比较基因组分析的可能性。该报告受到了广泛的好评，更有不少与会者提出了合作意向。 生态进化组博士后, Matthew Helmus博士于十月中旬在众多的报名者中脱颖而出，被选拔参加了在意大利博洛尼亚举行的基因组学在生态与保护生物学中的应用培训课程。该培训班的内容包括基因芯片数据的分析，第二代基因组测序技术，SNP芯片分析，以及DNA条形码。Helmus博士在课上也向大家介绍了西双版纳热带植物园和生态进化组的热带基因组研究。多位来自欧美国家的培训班的学员和老师都对版纳植物园的科研工作有了进一步的认识。

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