Posted in Research News on Mar 3rd, 2010
在以往的研究中，针对短测序片段（short read sequence,SRS）进行的比较基因组分析多数都需有事先组装好的DNA序列作为参照，这一定程度上制约了这类数据在生物信息学研究的发展。近期， 版纳植物园生态进化组的Cannon教授和其组员发明了一种新的研究方法，该方法不用事先组装，通过分析检测数据中达到某种“复杂度”的基因片段是否存在 及其出现频次，来探讨一定数量目标基因组中的序列差异。该研究成果发表在分子生态学领域顶级刊物《MOLECULAR ECOLOGY》上。 Cannon教授等的研究比较九个树种从种群到科一级的基因组多样性的海量数据，并利用已知的3个树 种的基因组数据作为对照，探知测序反应中数据的质量和分布偏差。该方法定义了3类主要的富含生物信息的复杂DNA片段，其中每一类都具有其特殊的统计属 性。第一类复杂片段为某一基因组所特有但假阳性的概率很高，高度依赖于测序覆盖度和分布情况；第二类复杂片段为两个基因组所共有并能显示其潜在的拷贝数差 异；第三类复杂片段为某一些基因组所共有，与物种的形态和地理差异相联系。由于该方法不需事先组装，即可分析海量数据，极大的推进了短序列测序技术在非模 式生物上的应用，并为更为进一步的基因组装和细致研究直接筛选出最有效的遗传部件提供新的途径。该研究中也展示了该技术的实际应用前景，例如，我们可为一 种濒危木材树种找到大量的种群水平上的遗传标记，从而可以界定木材个体的来源，规范国际木材交易。 新一代DNA测序技术的突破为研究热带森林的生态和进化提供了一个新的平台，Cannon教授等的研究是版纳植物园为把基因组学应用在植物功能适应进化与气候变化、物种多样化和共存、以及极度濒危的亚洲热带森林自然资源保护诸方面所迈出的重要一步。 Cannon教授现为版纳植物园全职研究员（2007年7月开始），博士生导师，长期在东南亚热带地区从事森林生态学研究，2009年纳入云南省高端人才计划。
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Posted in Research News on Mar 3rd, 2010
受到强烈干扰的生态系统中往往生物多样性较低，干扰能成为环境因子 “过滤器”使得系统中拥有特定适应性状的物种得以存在。基于系统发生学进化过程中亲缘关系越近、物种对外界干扰反应越相似的假设，版纳植物园生态进化组博 士后Matthew Helmus博士等的研究表明：受干扰生态系统中的生物群落更易富集近缘种。相关研究成果在生态学领域顶级刊物《ECOLOGY LETTERS》上在线发表。 Matthew Helmus博士等通过对受生物干扰（如物种入侵）、化学干扰（如酸化）、物理干扰（如控制水位线）三种干扰类型的18个湖泊和16个对照湖泊中浮游动物 的群落变化情况，发现无论哪种类型的干扰均会促使湖泊里浮游动物群落中近缘种普遍增加，物种的变化与群落内物种丰富度、均匀度及群体的数量无关；研究还发 现在酸性胁迫下湖泊中浮游动物群落变化最激烈；物种对特定干扰的敏感性具有系统发育学上的遗传性，与个体的大小无关，而且这种敏感性可以通过近缘种的行为 进行预测。因此，物种系统发育学的研究不失为一种用于研究和测量种群和群落对生态系统受到干扰的响应机制的有效手段。 Matthew Helmus 博士毕业于美国威斯康星大学，自2009年3月起在版纳植物园生态进化组做博士后研究，主要从事生态学、进化学及统计学的交叉研究，着重于进化过程中亲缘 关系相近的近缘种是否具有相似的生态变量的研究。同时结合新一代测序技术试图从基因组水平探知物种的进化关系，从而推测物种的入侵与灭绝。
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Posted in Research News on Mar 6th, 2009
In 2009, from Feb 28th to Mar 2nd, the meeting of the Southern section of ASPB was held in Austin, TX. The topics of the symposium and graduate students presentation focused on synbiotic nitrogen fixation, improve crops’ resistance and other vast areas of plant physiology. Cici also gave a presentation on part of the data [...]
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Posted in Research News on Mar 4th, 2009
ABSTRACT Aim: Identify environmental correlates for tropical tree diversity and composition. Location: Borneo, Southeast Asia Methods: A GIS-environmental database with 5 arc minute (c. 10 × 10 km) resolution was combined with tree inventory data. Tree diversity, phylogenetic diversity (PD) and the two main compositional gradients were determined for 46 tree inventories. Akaike’s information criterion [...]
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Posted in Research News on Mar 2nd, 2009
The Ecological Evolution group participated in the 3rd annual meeting of the Asia/Pacific Chapter meeting of the Association for Tropical Biology and Conservation, held in Chiang Mai, Thailand on Feb 12-15 2009. Prof. Chuck Cannon gave a plenary lecture on “Genomics and Tropical Biology: diving into the deep end”. Assoc. Prof. Ferry Slik presented “Forest [...]
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